Im Jahre 1863 wurde von dem Architekten des Königshauses Joaquim Possidónio da Silva der Verein der zivilen Architekten Portugals gegründet, der später zu dem heutigen Verein der Portugiesischen Archäologen wurde.

Etwa ein Jahr später (1864) wurde hier das Archäologische Museum eingerichtet, das sich der Aufbewahrung und Ausstellung wichtiger Skulpturen aus antiken Ruinen (hauptsächlich der 1834 abgeschafften Klöster) und der in den Trümmern entdeckten Bestandteile der Kirche selbst widmet.

Das Archäologische Museum hat im 19., 20. und 21. Jahrhundert Stücke mit historischem, archäologischem und künstlerischem Wert aus den unterschiedlichsten Epochen in seine Sammlung aufgenommen, von Artefakten und Werken der Vorgeschichte bis zur heutigen Zeit, anhand derer man das menschliche Denken und Fühlen im Laufe der Zeit und in ihren unterschiedlichen kulturellen Aspekten nachvollziehen kann.