O património museológico que constitui a base das exposições permanentes do Museu do Oriente divide-se, fundamentalmente, em duas grandes colecções:

- A primeira, alusiva à presença portuguesa na Ásia, é constituída por mais de um milhar de objectos artísticos e documentais, fruto de uma política de aquisições levada a cabo pela Fundação Oriente, praticamente desde a sua constituição, junto dos mercados de arte nacional e internacional. Integra várias peças de excepcional valor, com destaque para diversos biombos chineses e japoneses dos séculos XVII e XVIII e várias peças de arte namban de grande raridade.

- O segundo grande acervo encontra-se reunido sob a designação de Colecção Kwok On, fruto da doação da Association du Musée Kwok On de Paris, constituída por mais de treze mil testemunhos das artes performativas de toda a Ásia e das grandes narrativas e religiões populares de que essas artes são expressão.