El MAC ha ido incorporando a lo largo de los siglos XIX, XX y XXI un conjunto de piezas de gran valor histórico, arqueológico y artístico desde la Prehistoria hasta la Edad Contemporánea.
En 1863 fue fundada por el arquitecto de la Casa Real Joaquim Possidónio da Silva la Asociación de los Arquitectos Civiles Portugueses, que dio origen a la actual Asociación de los Arqueólogos Portugueses.
Cerca de un año después (1864), aquí se instaló el Museo Arqueológico del Carmen, destinado a guardar y exponer importantes piezas escultóricas procedentes de antiguos edificios en ruinas (sobre todo de las casas monásticas extinguidas en 1834), y elementos integrantes del propio templo, descubiertos entre los escombros.
El MAC ha ido incorporando a lo largo de los siglos XIX, XX y XXI un conjunto de piezas de gran valor histórico, arqueológico y artístico, con una cronología muy variada, que integra artefactos y obras desde la Prehistoria a la Edad Contemporánea, a través de las cuales se pueden conocer las formas de pensar y de sentir de los hombres a lo largo del tiempo y en las diversas expresiones culturales.